皇船坞作为清代天津专供皇家水围、出巡的御舟贮藏与修缮重地，其管理体制自建成后历经多次调整，与清代帝王津门活动、地方行政体系紧密相关。

　　皇船坞建成初期，管理权分属两地：日常事务由通州户部仓场衙门坐粮厅掌管，历年修葺则由天津盐院衙门负责，形成“管修分离”格局。雍正元年（1723）五月，长芦巡盐御史莽鹄立奉雍正帝谕旨，将皇船苫盖修饰等事宜统一交由坐粮厅办理，明确权责，实现管理归一。

　　乾隆朝是皇船坞规制与管理的关键变革期。乾隆二十六年（1761），长芦盐业出资对其进行大规模改建，巡盐御史金辉奏报，此次改建坞房六座、石闸一座，配套内坝、官厅、水手房、库房等设施，围墙达一百六十丈，御舟出入，需随开随闭内外坝，管理更为完善。因工程耗资不下一二万金，乾隆传谕严令稽查，杜绝“草率浮冒”。改建后，皇船坞正式改由长芦盐政直接管理，成为定制。

　　管理体制确立后，器物保管进一步细化。乾隆五十五年（1790），承办皇船坞的长芦盐商捐资建造七间专用库房，专门贮藏桅柁，彰显出对皇家器物的慎重保管。

　　乾隆三十二年（1767）春，乾隆拟巡阅天津子牙河水利，前一年四月，长芦盐运使高诚便将御舟状况、水手调配上奏。乾隆阅后谕示，此次巡阅时间短、水路平缓，无需过多水手，令参照霸州水围船坞标准酌量备用，力求务实。此次出巡，水手多从南方征调，乾隆下旨，在水手每日五分常价之外，每日再增银三分，严令承办官员按名发放，确保水手均沾实惠。此外，乾隆对御舟预备细节把控严格，乾隆五十三年（1788），长芦盐政穆腾额上奏预备御舟时，误将“皇阿哥”所乘船只列入，乾隆传谕纠正，明确无需额外预备。

　　嘉庆继位后，虽出巡减少，仍多次过问皇船坞状况。嘉庆六年（1801），天津遭遇重灾，船坞房屋、墙垣、堤岸尽数被淹，那苏图奏准由通纲商人借款重修，使船坞恢复旧制。

　　道光年间，清廷内忧外患，皇家出巡之制渐废，皇船坞“后奉裁拆卸”。光绪二十八年（1902），其所在土地被划入法租界，这座镌刻津沽史事的皇家旧迹，最终消散在历史长河中。